北京基因组所（国家生物信息中心）宣布更新版人类长非编码RNA知识库LncRNAWiki 2.0
近日 ，由球速体育（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的人类长非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA）知识库LncRNAWiki 2.0正式上线。该研究系统介绍了LncRNAWiki更新版主要内容 ，并以“LncRNAWiki 2.0: a knowledgebase of human long non-coding RNAs with enhanced curation model and database system”为题在国际学术期刊Nucleic Acids Research 在线宣布。
LncRNA通过庞大多样的分子机制发挥重要功效 ，在多个生物学历程发挥重要作用 ，与人类疾病的爆发生长密切相关。LncRNAWiki是一个基于MediaWiki框架开发的人类lncRNA群体审编知识库 ，最初注释了86个文献报道的lncRNA。今后 ，研究团队每年连续增加新的功效性lncRNA并富厚lncRNA注释。截至2020年 ，LncRNAWiki已包括2,056个功效性lncRNA的注释信息 ，为了解lncRNA的功效和研究进展提供了重要的资源平台。
为便当数据结构化治理及统计盘问 ，LncRNAWiki 2.0大幅提升了系统框架 ，并建立了标准化审编模型。具体来说 ，2.0版主要基于MySQL/Java构建 ，结构化展示功效性lncRNA的10类注释信息 ，实时统计多种要害内容的研究进展 ，支持注册用户凭据审编模型在线提交/编辑/更新lncRNA相关知识 ，并基于审编知识和生信剖析结果预测lncRNA功效。在群体审编方面 ，提供了包括分子特征、临床关联、靶基因、调控因子、实验样本、生物学功效、CRISPR实验、文献等10类内容的系统性审编模型 ，支持结构化审编注释。为确保审编质量 ，增加了专业审核环节 ，且任何用户均可报告lncRNA页面上的注释过失。
目前 ，LncRNAWiki 2.0共包括2,512个lncRNA的106,242条知识关联信息 ，这些关联知识主要来自于对16个专业数据库信息的标准化整合审编�；谌娓缓竦淖⑹� ，在统计页面为研究人员提供实时的lncRNA功效图谱 ，例如凭据现有注释可知70%以上的lncRNA研究集中在疾病方面 ，在肝癌、白血病、结直肠癌中的研究较多；MALAT1、HOTAIR、H19等被报道较多 ，具有富厚的功效注释信息；lncRNA的定位研究主要集中在外泌体、细胞核中；帕比司他、顺铂和多西紫杉醇三种药物与lncRNA的关联研究较多。所有相关知识在Browse页面均可一键免费下载。
LncRNAWiki 2.0数据库具备友好的网页界面 ，便当数据治理 ，包括数据提交、编辑、审核、过失报告 ，以及浏览、搜索、下载和统计 ，提供了多种在线工具 ，用于lncRNA ID转换、序列比对和功效预测 ，助力掘客新的lncRNA功效 ，有望成为lncRNA功效注释和研究的重要资源平台。
北京基因组所（国家生物信息中心）特别研究助理刘琳 ，博士研究生李昭和硕士研究生刘畅为本文配合第一作者 ，马利娜副研究员与章张研究员为配合通讯作者。该研究获得了中科院战略性先导科技专项、国家重点研发计划、中科院青促会等项目资助。
LncRNAWiki 2.0知识审编流程与主要内容
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