国家生物信息中心宣布更新版癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM 2.0
近日，国家生物信息中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM 2.0正式上线。该研究内容以“CancerSCEM 2.0: an updated data resource of single-cell expression map across various human cancers”为题在国际学术期刊Nucleic Acids Research?在线宣布。
近年来，单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术不绝革新，相应的生物信息学剖析工具也泛起蓬勃生长态势，有力支撑了研究人员将scRNA-seq数据转化成生物学或医学相关信息。scRNA-seq技术已广泛应用于肿瘤学研究，通过鉴定差别细胞亚群、剖析肿瘤微情况以及表征单细胞基因表达变革，资助研究人员深入理解庞大的肿瘤生物学。别的，癌症的代谢重编程研究近几年逐渐兴起，作为癌症的焦点生物学标记之一，已有许多代谢靶向药物进入临床试验阶段。因此，对海量癌症scRNA-seq数据进行标准化整合剖析关于更好地支撑癌症相关研究以及临床应用至关重要。自2022年首次宣布以来，CancerSCEM数据库在癌症样本的单细胞基因表达定量、细胞类型精确注释以及免疫反应研究等方面获得了广泛应用。
CancerSCEM 2.0版本于2024年6月果真上线，共收录1,466套癌症相关scRNA-seq数据集及其标准化剖析结果，涵盖127个研究项目、74种人类癌症类型以及8种单细胞测序要领，并首次纳入正常组织样本与健康的外周血样本，可用作正常比照支撑用户开展下游比较剖析。CancerSCEM 2.0从多个层面进一步增强了数据剖析及可视化功效，首先在转录组层面新增了基因组拷贝数变异评估（inferCNV）、转录因子富集（pySCENIC）、拟时序构建（monocle2）以及7项重要生物学特征打分（毒性、炎症、压力等）,所有剖析结果均可通过交互式剖析平台获取。同时，开展了以样本为单位的168个代谢�？楹�34个KEGG代谢通路的单细胞代谢通量推断、跨细胞类型代谢动态变革追踪以及代谢相关性评估平剖析内容，并设置全新的代谢浏览页面为用户提供系列可视化剖析结果。别的，与1.0版内幕比，CancerSCEM 2.0整合了来自33个TCGA癌症研究项目涵盖11,167名患者的基因表达数据，进一步提升了数据库在细胞群体水平的基因表达概览以及在线生存剖析功效。
CancerSCEM2.0数据库提供以scRNA-seq数据集为焦点单位的网站系统，配备用户友好的数据浏览、检索、可视化及下载功效。除1.0版本的GENE与SAMPLE�？橐酝�，CancerSCEM 2.0对交互式在线剖析平台进行了系统升级与扩展，重新研发和安排了两个全新的剖析�？椤狢ELL与METABOLISM，二者将划分提供新增的4项转录组剖析与3项代谢相关剖析功效，均可实现秒级别的实时剖析及可视化。用户可借助此平台开展多维度定制剖析，深入探索新的潜在有效的癌症类型特异或细胞类型特异的生物标记物。
国家生物信息中心高级工程师曾瀞瑶、博士研究生聂致、尚云飞、麦嘉琳为本文配合第一作者，肖景发研究员为通讯作者。该研究获得了球速体育青年立异增进会、球速体育战略性先导科技专项以及国家自然科学基金的资助。
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