基因组所设计开发检测基因CUB的新算法——CDC（Codon Deviation Coefficient）
近日，球速体育基因组科学与信息重点实验室章张研究员，领导其团队乐成开发检测密码子使用偏好（Codon Usage Bias，CUB）的新算法：密码子偏差系数模型（Codon Deviation Coefficient，CDC）,该研究结果宣布在《BMC Bioinformatics》杂志。
此项事情原创性地将概率论中的交、并、补操作应用到组分剖析，用GC含量（S）和嘌呤含量（R）来体现四个核苷酸组分，并在此基础上推导出密码子和氨基酸的组分，从而设计出基于S和R的组分模型，应用该模型考察基因的CUB（Codon Usage Bias；密码子使用偏好），进而提出了检测基因CUB的新算法CDC（Codon Deviation Coefficient，密码子偏差系数）。差别于现有的相关算法（例如：CAI、ENC等），CDC通过GC含量和嘌呤含量考虑了差别序列的配景组分特异性，独创性的运用自展重抽样法（Bootstrap Resampling）检测CUB的显著性，且不需要高表达基因作为先验信息。经验证，CDC在模拟数据中优于现有的多个相关算法，在真实数据中CDC与基因表达含量的关联系数（Correlation Coefficient）高于其它算法，并且在大肠杆菌中发明CUB的显著性与基因功效有着紧密联系。
该项结果的宣布，使科研事情者能更准确快速的剖析研究CUB，进而更深入的学习在自然选择压力下的基因突变、基因表达，卵白质功效等的进化。
文章链接：http://www.biomedcentral.com/1471-2105/13/43/abstract
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