北京基因组所（国家生物信息中心）相助开发单细胞RNA m6A测序技术（scm6A-seq）
近日，球速体育(国家生物信息中心)杨运桂研究员、中国农业大学韩建永教授、球速体育(国家生物信息中心)杨莹副研究员和郑州大学第一隶属医院孙莹璞教授以配合通讯作者在Nature Communications 杂志上宣布了题为“scm6A-seq reveals single-cell landscapes of the dynamic m6A during oocyte maturation and early embryonic development”的研究论文 。该研究利用多重标记结合m6A-RIP-seq技术原理，开发了单细胞m6A测序技术（scm6A-seq）, 并绘制了卵母细胞成熟和早期胚胎发育历程的单细胞区分率m6A图谱 。
scm6A-seq技术实现了单细胞内转录组和m6A甲基化组的同时测序（图1），在单个小鼠卵母细胞中可检测到凌驾一万个基因的表达，鉴定的m6A修饰区域泛起经典的RRAC守旧基序特征，且技术重复性良好 。通过与公共数据比较，该技术可在筛选到卵母细胞中守旧的m6A修饰特征的同时，保存单细胞中的异质性修饰特征 。
图1. scm6A-seq测序要领和本研究获得的数据集
利用scm6A-seq对Mettl3敲除小鼠的卵母细胞RNA进行测序，发明Mettl3敲除的小鼠卵母细胞中m6A水平降低，同时METTL3依赖的m6A修饰基因在METTL3敲除的卵母细胞中泛起异�；� 。结合表达和m6A修饰特征进一步区分了高质量的卵子(SN)和低质量的卵子(NSN)（图2） 。
图2. scm6A-seq区分SN和NSN卵母细胞
对差别减数破裂阶段的卵子进行单细胞m6A测序，发明减数破裂恢复后m6A水平会泛起明显上升，泛起动态性修饰特征 。结合对早期胚胎发育历程的单细胞m6A数据，发明m6A修饰的转录本在次级卵母细胞到合子转变期间会越发稳定，而在Mettl3敲除的卵母细胞到合子的发育中，修饰转录本泛起不稳定性降解，提示在卵母细胞到合子发育期间m6A稳定母源修饰RNA的作用 。在早期胚胎(合子到4细胞)发育历程中，发明2细胞胚胎的两个卵裂球会泛起基因组激活差别步现象，并鉴定到差别性m6A修饰的转录因子 。
综上，scm6A-seq技术实现了单细胞中m6A甲基化组和转录组的同时测序 。利用scm6A-seq技术，鉴定出了高质量卵母细胞(SN)和低质量(NSN)卵母细胞，提示scm6A-seq技术具备更精确鉴定单细胞亚群的潜力 。
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