基因组所相助开发完成基因排布可视化工具
基因在染色体上的排布(Gene Orders)是高度组织化的,在自然选择作用下,简单基因的结构和成簇基因的排列顺序在差别进化分支中具有差别水平的可变性,并且基因排布与染色体结构的关系仍然有待进一步探索。进化基因组学的重要研究内容之一就是揭示在这些大规模且差别水平的基因排布下,差别物种基因组在基因共调控机制方面的相似和差别。现今,二代测序技术的快速生长和广泛应用,爆发了差别分类群代表物种的基因组数据,可是缺乏一个基于大规模基因组数据且操作简单的基因排布可视化工具。
为此,球速体育基因组科学与信息重点实验室于军研究员和英国伦敦大学学院肿瘤研究所王大鹏博士相助开发了一套全新的网络可视化工具LCGserver,用于解析多类群进化配景下基因排布的动态变革纪律,此项研究于近期宣布在OMICS: A Journal of Integrative Biology杂志。
针对基因排布,LCGserver提供三个水平的剖析功效:单个基因、成对基因和成簇基因。其奇特的功效是可以凭据成组基因的同源性将差别的基因组进行比对,资助用户直观的鉴定特定物种基因组在特定进化分支上基因排布的守旧和变异事件。另外,凭据守旧和变异的所有可能性,将成对基因分成6种模式并且可以识别完全守旧的基因簇的保存。
此项研究将对进化和比较基因组学领域爆发积极影响,好比研究新测序物种基因组和公共数据库基因组的基因共线性关系,通过比较近缘物种基因组检察并纠正组装历程中保存的问题,通过基因位置信息构建物种进化树,与RNA-Seq数据结合进行基因位置和基因共表达的交叉验证,高度守旧的基因簇可以作为高维基因组结构的锚点等。
成对基因的六种变异模式
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